牡蛎具有两扇坚硬的贝壳，上壳小而扁平，形如盖状，壳面生有鳞片；下壳大而凹陷，以此壳终身固着在海边岩石或其他物体上生活。

牡蛎壳的形状多种多样，有三角形、卵圆形、狭长形和扇形等。它往往受环境（如固着物的形状、风浪的冲击等）影响而改变外形特征。壳的颜色一般跟其固着的岩石很相似，有青紫色、灰绿色和黄褐色等，中间还会夹杂着美丽的斑纹。

牡蛎壳的主要成分是碳酸钙，约占全壳成分的94%～99%，其他还有镁、铁等。从外到内由角质层、棱柱层和珍珠层构成。牡蛎有韧带和闭壳肌，它的两个壳可以自由开合。它的闭壳肌只有一个，位于身体的中部而略靠后面，因此被称为单柱类。