海胆是海洋里一种古老的生物，与海星、海参是近亲。据科学考证，它在地球上已有上亿年的生存史。由于沧海桑田的缘故，在我国的西藏高原，都曾发现过海胆的化石。这说明在那里还是海洋的时候，已经有海胆存在了。

海胆是生物科学史上最早被使用的模式生物，它的卵子和胚胎对早期发育生物学的发展有举足轻重的作用。早1875年，Oscer Hertiwig（1849-1922年）就开始以海胆为材料研究受精过程中细胞核的作用。1891年，Hans Driesh（1876－1941年）在显微镜下把刚刚完成第一次卵裂的海胆胚胎一分为二，结果发现，分开后的两个细胞各自形成了一个完整幼虫。这一实验的意义在于证明胚胎具有调整发育能力，为现代发育生物学奠定了第一块里程碑。